中国血吸虫病防治杂志 ›› 2018, Vol. 30 ›› Issue (3): 312-316.
张露菲1|2|王灵军1|2|郑明辉1|2|曹建平3|刘晖1|2*
ZHANG Lu-fei 1|2| WANG Ling-jun1|2| ZHENG Ming-hui1|2| CAO Jian-ping3| LIU Hui1|2*
摘要:
目的 阐明结膜吸吮线虫(Thelazia callipaeda)基因组的序列特征。方法 采用GeneMark、GeneID和GeMoMa软件对结膜吸吮线虫基因组组装数据进行从头预测及同源预测,利用EVM软件对预测结果进行整合,以预测其基因组全部基因;将得到的基因序列分别在公共数据库及3个专有数据库(CAZyme、TCDB和PHI)中进行注释。结果 对结膜吸吮线虫基因组(79.34 Mb)的Scaffolds和Contigs基因结构进行分析,共得到了6 333个基因;通过公共数据库中BLAST比对,发现97.85%的基因可以得到注释,其中NR数据库中注释的基因最多(98.69%),可以富集到KEGG途径的基因最少(50.50%)。通过KOG数据库分析功能基因,共发现4 517个功能基因。在3个专有数据库(CAZyme、TCDB和PHI)中比对,分别注释得到136、139个和1 498个基因,其中PHI数据库中注释基因数目最多(1 498)。此外,还通过细胞色素酶的专有数据库预测到了238个细胞色素P450基因。结论 本研究初步揭示了结膜吸吮线虫基因组结构特征和注释信息,共得到了6 333个基因。
中图分类号: