中国血吸虫病防治杂志 ›› 2020, Vol. 32 ›› Issue (6): 618-.
贾浩源,周颖△,崔玉宝,王婷婷*
JIA Hao-Yuan, ZHOU Ying△, CUI Yu-Bao, WANG Ting-Ting*
摘要: 目的 获得腐食酪螨转录组数据,为后续基因功能研究奠定基础。方法 基于Illumina HiSeqTM 2000高通量测序平台,对腐食酪螨雌雄混合螨体进行测序,采用Trinity软件组装转录本获得单基因簇(Unigenes)。将单基因簇与非冗余蛋白质序列(RefSeq non?redundant protein sequence,NR)数据库、核苷酸序列(nucleotide sequence database,NT)数据库、Swiss?Prot数据库、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库、直系同源簇(clusters of orthologous groups,COG)数据库中的蛋白质序列进行比对,对其进行功能注释。将单基因簇按照NR、Swiss?Prot 蛋白库优先级顺序进行编码序列(coding sequence,CDS)比对、预测。利用MISA软件对腐食酪螨Unigenes进行简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点分析。使用SOAPsnp技术检测螨虫单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)。结果 转录组测序数据质控后获得4.67 Gb高质量数据,组装后获得51 271个单基因簇,总长度为41 848 995 个核苷酸(nucleotide,nt)、平均长度为816 nt。将单基因簇与公共数据库进行比对和功能注释后,得到29 053个有功能注释的Unigenes。预测发现27 443条CDS,检测到23 092个SSR位点信息和148 027个SNP位点信息。结论 通过测序技术建立了腐食酪螨转录组数据库,获得了大量腐食酪螨转录本信息,为后续过敏相关基因功能学研究奠定了基础。
中图分类号: